Após a varredura realizada, o usuário pode escolher quais serão os arquivos deletados. É importante que a lista seja revisada para que nenhum arquivos importante seja apagado sem querer.
Além da varredura, o System Ninja ainda conta com um gerenciador de programas iniciados com o sistema, um gerenciador de processos ativos – que podem ser finalizados através do programa – e um atalho para ferramentas complementares desenvolvidas pela The Web Atom, desenvolvedora do programa.