Um ponto forte do MP3 Tunes é a organização que o serviço oferece. Os arquivos ficam divididos entre artistas e álbuns, algo fundamental quando se fala em 2 GB de músicas hospedadas. O serviço, que também armazena vídeos, avisa ao usuário quando algum arquivo sem as tags for colocado no site. Com isso, o usuário pode corrigir o problema, não prejudicando a organização dos arquivos.
Além de player e serviço de hospedagem de multimídia, o webware ainda funciona como loja virtual de mídias. Ele fornece algumas indicações, baseadas no gosto musical do usuário, e ainda é possível realizar compras na Music Store, conveniada com a Amazon.com.